黄桥决战胜利后，中共中原局书记刘少奇于10月下旬率部从半塔集出发，于11月初抵阜宁东沟，与八路军第五纵队黄克诚部会师。八路军和阜宁党、政各界联合举行了欢迎大会。
11月4日，刘少奇、黄克诚等从东沟出发，经湖垛、盐城、东台等地。于7日赶到海安，与陈毅会晤。他们根据中央的指示，对如何建立与巩固华中抗日根据地问题作了充分的讨论和研究，指出要广泛深入地发动群众，团结地方实力派人士，尊重他们的中立态度，建立三三制政权；要以统一战线为原则，实行减租减息，合理负担；要帮助地方建立和扩大地方武装，迅速清剿残余反动武装；积极做好发展党的组织、争取知识分子以及联络友军的工作。11月15日，苏北临时参议会在海安召开，通过了苏北建政纲领。刘少奇在会上作了报告，对这个施政纲领作了重要阐述，指出这个纲领的精髓是调整人民间的关系，以民族利益和抗战需要为标准，去促进人民间的团结；充分发动苏北的人力、物力、财力去坚持抗战，推进抗战的胜利。
根据八路军、新四军已经会师，华中抗战局面已初步打开等情况，中原局书记刘少奇于11月10日向中央报告：为统一华中军事指挥起见，提议由中央任命陈毅为华中八路军新四军各部之总指挥，并补任为中原局委员。中央书记处同意了这一提议，任命叶挺为华中新四军、八路军总指挥。在叶挺未过江以前由陈毅代之，陈毅为副总指挥、刘少奇为政委，统一指挥陇海路以南之新四军、八路军。
11月17日，“新四军、八路军华中总指挥部”成立大会在海安举行，到会有新四军、八路军的指战员及党政领导共700人左右。会上，刘少奇宣布了中央关于成立华中总指挥部的决定，陈毅作了当前形势及华中我军任务的报告。
华中总指挥部机关主要由新四军苏北指挥部、江北指挥部等部分领导人员及工作人员合组而成。不久，华中总指挥部由海安进驻盐城文庙，抵盐城当天，盐城党政军民举行了热烈的欢迎大会。
中原局、华中总指挥部进驻盐城期间，正是国民党反共派积极部署发动第二次反共高潮之际，为粉碎反共派对华中的大举进攻，保卫根据地，华中总指挥部于11月26日作出部署：发动曹甸战役，解决苏北反共军韩德勤。11月29日，八路军第五纵队、新四军苏北部队发起进攻。陈毅、刘少奇亲临盐城西南的大冈前线指挥，经过18天的激烈战斗，歼顽8000余人，再一次削弱了韩德勤在苏北的势力，拓宽了抗日根据地，鼓舞了苏北人民抗战情绪。但八路军、新四军因缺乏水网地区作战经验等原因，也受到了较大损失，伤亡达2000余人。
为了巩固华中根据地，华中总指挥部在建党、建政、剿匪反霸、培养干部、发展文化教育事业等方面，也作了大量的工作。
与此同时，在苏中地区活动的中共苏北区党委及在海安成立的苏北临时行政委员会也迁驻东台城。