“文化大革命”开始后，不少党政机关单位受到冲击，许多干部遭到野蛮批斗，继而学校停课，工厂停工。在这种混乱而又困难的情况下，地委努力控制局势，维持工农业生产和社会秩序。
1966年6月27日，地委召开各县委负责人参加的电话会议，要求各级领导分两条线作战，一条线抓“文化大革命”运动，一条线抓当前生产。地委16位常委中除两位军分区常委外，3人负责全面工作，6人参加社教，5人蹲点搞样板。地专机关部、处、局级干部91人，仅留14人处理日常工作，其余都到社教团或到基层蹲点。地委还规定抓生产的同志定期回机关参加“文化大革命”，在搞好运动的同时努力抓好生产。为尽量避免运动对农业生产带来冲击，地委电话指示各县委和滨海、射阳社教总团党委，先在干部、学习“毛选”小组和贫下中农积极分子中展开，然后推广到群众；为保证不误农时，除必要的动员、大批判外，多利用晚间一两个小时以生产队为单位开会学习，利用田头休息时间或以分散活动形式开展读报交流、宣传讲解。
7月6日，地委批转军分区党委关于发动民兵参加“文化大革命”的意见，要求秋收后开展农村民兵系统教育活动，指示各县人武部教育民兵积极做好保卫工作，站稳立场，防止被坏人利用，严格控制民兵手中的武器，确保运动顺利发展。
党的八届十一中全会召开之后，全区范围内迅速掀起了宣传学习“十六条”的高潮。地委一方面坚决拥护“十六条”，另一方面努力作出正确的引导，希望通过宣传贯彻“十六条”中提出的关于认真实行“两个区别”和争取团结两个“95%以上”的方针政策，以及“抓革命、促生产”“用文斗，不用武斗”等政策规定，稳定局势，维护社会秩序。地委要求各级领导“敢于挺身而出，接受批评，承担责任，讲解‘十六条”，。9月8日，地委书记谢克东带头在机关干部大会上宣讲“十六条”，并要求参加会议的各县委、社教团党委分管副书记和办公室主任，回去后迅速组织公社书记、机关宣传员和社教队员，深入学校、工厂、集镇、农村，广泛开展宣讲活动。
地委还充分利用“十六条”中“关于干部问题、关于报刊上点名批判的问题和关于科学家、技术人员及一般工作人员的政策，等有关规定，竭力保护一批受到冲击的干部和知识分子。9月12日，地委常委办公会议决定成立“地委文化革命小组案件审批组”，规定运动中需要批判斗争和组织处理的地委管理的干部，要经地委常委或地委文革小组讨论决定，在开展系统社教运动的地区，地委委托社教团党委审批；运动中需要批判斗争和组织处理地委管理以外的干部，由各单位党组织和文化革命组织上报各上级党委批准。凡需要“戴帽子”的，先进行批判斗争，待问题弄清楚后再“确定性质，定案处理”。
10月，1批学生外出串联，地直企事业单位也开始有人外出上访串联。10月17日，盐城纺织厂有81人去省委和华东局。反映问题”。至11月初共有260多人离开了生产岗位，影响了正常班次的运转，如任其发展势必影响全年生产计划的完成。11月8日，地委副书记刘仲侯到厂召开干部工人座谈会，宣传“抓革命、促生产”的指示精神，指出工厂不同于学校，有生产任务，强调生产单位一定要坚守生产岗位，可利用业余时间开展运动，要求已经外出的人员立即回厂。
“文化大革命”初期，盐城地委极力控制混乱的局势，坚持贯彻毛泽东提出的“抓革命、促生产”的方针，在十分困难的情况下尽量使运动不影响工农业生产和人民生活。1966年，全区工农业生产在1964、1965连续两年恢复发展的基础上继续有所突破。全区工业生产总值增长19%，全民工业企业上缴利润增长1.1倍，10个重点企业竣工投产，其中地区化肥厂比规定工期提前4个月投人生产。全区粮食总产量达到25.34亿斤，超出国家计划12%，比上年增长15%；棉花产量达到200万担，接近大丰收的1964年的产量；油料总产也比上年增长68%。