“文化大革命”开始后，全区地、县党政领导机构、经济管理部门和企业的领导班子陷于瘫痪，在无政府主义思潮冲击下，全区社会局势动荡，工农业生产秩序混乱。“以阶级斗争为纲”被作为经济建设和工农业生产的行动纲领，而价值规律、按劳分配等被全盘抛弃，经济效益被贴上了“资本主义”和“利润挂帅”的标签，被批判为“唯生产力论”。极左思潮对盐城地区的经济工作造成严重的干扰和冲击。
1966年至1976年，“三五”“四五”两个五年计划未能编制执行。1966年“文化大革命”开始后，全区经济管理工作很快受到冲击，盐城专署计划委员会被撤销，停止了国民经济计划的编制，经济管理出现“松、散、乱”的局面。国民经济三年恢复调整时期为纠正农村“左”的经济政策而采取的积极措施，受到了批判，农户的自留地、养猪养羊等林、牧、副、渔生产和集市贸易，都被作为“资本主义尾巴”一律割掉，农村经济严重失调。各地农村在批判“三自一包”（自留地、自留畜、自留山、包产到户）、“四大自由”（自由种植、自由买卖、自由市场、劳动力自由）的同时，不顾农村生产力的发展水平，盲目推行“大寨式”劳动管理办法，用“突出政治”代替“工分挂帅”“物质刺激”。“大寨式”劳动管理办法实行后，劳动工分十天半月一评，或二三个月一议，甚至半年、一年一评。原执行的小段包工、定额管理、按件计酬、“三包一奖”等管理办法被相继抛弃，“评工会”变成“斗私批修讲用会”。“社员上下工看旗子、听哨子，到了田头学语录、唱歌子，干起活来成趟子，干多干少一样子。”这种平均主义做法违背了按劳分配的原则，严重挫伤了农民的生产积极性。1969年，全区农业总产值为9.577亿元，比1966年下降了1.5％。
1970年，为贯彻国务院召开的北方地区农业会议精神，各地重新肯定《农村人民公社工作条例》，提出正确执行党的农村经济政策，反对平均主义。此后，全区废止了“大寨式”劳动管理办法，恢复“四定到组”（定农活任务、定质量要求、定完成时间、定工分报酬）、集体劳动、小班作业、大包小评、工分到人的劳动管理办法。在后来进行的“批林批孔”和“批邓、反击右倾翻案风”运动中，又把“定额记工、按件记酬”当作“资产阶级法权”进行批判。片面强调“以粮为纲”，并在“四人帮”的“宁要社会主义的草，不要资本主义的苗”的极左思想影响下，铲除社员自留地多种的蔬菜和经济作物，禁止社员多养鸡、鸭、猪、羊等家禽家畜，不准社员外出务工经商，不准农村手工业工匠单干经营，致使许多地方粮食产量增长较快而多种经营生产发展缓慢。各社、队包给个人经营的“三坊”（油坊、粉坊、豆腐坊）95%以上被收归集体，农民个人拥有的小型船只、平板车等运输工具被强制动员入社。1976年，仅射阳一个县被割“资本主义尾巴”的农户就达3万多户，其中社员私有30亩梨园、1700多棵梨树、自养的700多头母猪被折价归队，砍伐果树1.4万余棵，挖掉薄荷、中草药、大蒜、黄芽菜等经济作物1.78万亩，给发展农村经济、活跃农贸市场、改善人民生活带来不利影响。
在执行第三个五年计划期间（1966年—1970年），由于受“文化大革命”的冲击，盐城地区的工厂企业管理松弛，生产秩序混乱，普遍取消对工时定额的考核，上班干多干少一个样。“文化大革命”初期，部分工人擅自离开工作岗位，上访请愿，外出串联，进行造反活动，企业的正常生产活动遭到干扰破坏。1968年专区革委会成立以后，开始批判资产阶级派性和无政府主义，生产秩序有所好转，但仍强调“突出政治挂帅”，反对所谓的“唯生产力论”。1966年到1970年，工业发展速度和工业经济效益明显回落，工业总产值年平均递增7.88%，比三年调整时期回落10.45%。四分之一企业出现亏损，专直工业企业经济效益逐年下滑。1971年后开始抓计划整顿管理，1971年到l976年，全区的工业经济得到了一定的恢复增长。