“文化大革命”期间，盐城地区在深挖“五一六”中制造的大量冤假错案，对相当一部分干部和群众造成很大的伤害，留下了十分严重的后遗症。一些干部群众对此以不同的方式进行抵制和抗争。
盐城地区发生的“十寡妇赴京告状”事件曾一度产生较大影响。地委领导经过慎重研究，最终决定彻底调查关于“十寡妇”丈夫的案件。1973年4月和11月，地委组织几十人的调查组两次赴滨海县深入调查，此后又派出专案组对此案进行复核，最终查明真相，“十寡妇”丈夫并未参加所谓的“五一六”组织，确系被人迫害致死。地委根据调查结果，作出三条处理意见：对清查深挖中被迫害的干部群众一律宣布平反并给予抚恤；对深挖中违反政策搞逼供信造成严重后果的主要责任人逮捕法办；地、县两级党政主要领导承担责任，作深刻检讨。这一影响较大的上访事件终得以平息。
为肃清林彪一伙“左”倾路线错误的流毒，消除“五一六”运动在社会上的恶劣影响，恢复和落实党的干部政策，在地委的支持下，地委副书记胡宏克服阻力和困难，从两位被当作“五一六”分子进行错误审查的地区革委会负责同志入手，经过较长时间艰苦细致的工作，终于在1973年10月为他们纠错平反，恢复了原职务，落实了政策。此举在干部群众中反响很大，为一大批被错定为“五一六”分子的同志恢复职务、彻底平反打下了基础。
1974年“批林批孔”运动开展后，“深挖五一六”运动的真相已完全大白于天下。广大干部群众强烈要求平反纠错，落实政策，上访申诉案件不断增加。1974年5月9日，中央专门对江苏省委发出文件，指出江苏省委个别领导在“五一六”运动中存在的严重问题。8月31日，江苏省委下发《关于清查“五一六”工作中一些问题的处理意见》。根据中央和省委指示精神，地委先后召开各县委负责人会议和地直机关单位负责人会议，联系实际揭批、清查盐城地区“五一六”运动中的错误和问题。年底，地委和地区革委会又用近一个月时间，召开两委全体委员扩大会议，集中揭发地委在深挖“五一六”运动中的错误问题。地委书记万玉华在大会上作了检查，承认自己应负主要责任。会后，地直机关及各单位在清查和深挖工作中犯有错误的人员也作了自我批评。
1975年初，地、县相继成立了“落实政策办公室”，负责对清查运动中被错误打成“五一六”的干部群众进行平反。4月14日，地委首先为地直单位属于地委管理的干部以及经地委批准办学习班的干部209人公开宣布平反，恢复名誉，肃清影响。接着，地直各单位和各县也分别为被错误清查的人员公开平反，恢复名誉。落实政策的具体措施主要是：为清查运动中被迫害的人员平反昭雪，抚恤家属，妥善安排其家属的工作和生活；对因受审查而致伤残的按工伤致残处理；干部职工被停止工作的恢复工作或安排适当工作，补发审查期间扣发的工资；因审查影响调资晋级和亲属子女工作安排的，按规定的经济政策落实处理；对运动中被迫交代的各种个人材料，由各单位推派代表清理登记，当众予以销毁。至1975年8月，全区9601名被错误定为“五一六分子”的人员全部获得平反。
与此同时，各地对“清队”、整党、“一打三反”运动中遗留的问题也着手进行复查处理。1974年9月13日，地委“批林整风”办公室向地委全面汇报了各县以及地直单位关于“清队”、整党、“一打三反”落实政策工作的主要情况，提出要主动及时地处理有关遗留问题，进一步落实党的政策。此后，地直和各县进一步加大对“清队”、整党、“一打三反”运动中的遗留问题的处理力度，对一批影响较大，涉及人数较多的重点案件进行了复查改处，对所谓“叛国集团案件”进行纠错改正。同时对逮捕、拘留、判刑、“戴帽子”、定性不戴“帽子”、免予刑事处分的案件进行复查。