盐城取得全境解放后，党的重心工作由农村转向城市。1949年年3月，地委、专署机关从阜宁东沟镇迁至盐城县城。4月，在原华中五分区基础上，划设了隶属于苏北行政公署（省级）的盐城行政区，总面积1.95万平方公里，含盐城、盐东、建阳、射阳、阜宁、阜东、滨海、涟东9全县，总人口约330万，主要城镇有盐城、阜宁、东坎、合德等。22日，苏北区党委决定改第五地委为中共盐城区地方委员会，书记高峰。5月，华中第五专员公署改为苏北盐城行政区专员公署，专员陈书同。盐城地委和专署驻盐城镇，盐城城区总入口17766人。1950年8月，苏北盐城行政区专员公署改为江苏省盐城区行政督察专员公署，同年10月改称苏北人民行政公署盐城区专员公署，1953年1月，改为江苏省人民政府盐城区专员公署。
为适应领导和管理城市工作的要求，全区各级党委和政府及时进驻并接管各城镇，开展党的城市工作，在实践中学习和探索城市管理、城市建设的道路，逐步扭转了城镇政治、经济和社会秩序的混乱局面。在社会治安方面，1949年11月，为加强盐城城区城防工作，维持城市治安，设立盐城警备司令部；各县县城建立人民武装部和公安机构，执行防止匪特破坏、盗窃等警戒任务，护社会治安。在户政管理方面，各级公安、民政等部门对所有城镇统一进行人口登记，实行户籍管理。据统计，全区人口在3000人以上的城镇有40个，5000人以上的城镇有16个。在工商管理方面，专署和各县政府都成立了工商管理科，在较大的城镇进行“同业公会”“牙行”登记，改组旧商会，订立业务规约，统一度量衡，统一规定“佣金”等；设立国营贸易公司和工商联组织，登记私营工商户，通过公营公司、合作社等，引导其进行正常的生产活动；加强流动商贩管理，组织供销合作社。根据地委“依靠工人阶级，发展生产，面向农村为农业生产服务”的城市工作方针，各地广泛宣传和发动工人、店员加入工会组织。同时，将分散于全区农村的公营工厂、贸易公司陆续迁入城镇，促进国营工商业更快发展，为活跃城乡市场发挥积极作用。在城建方面，政府努力克服财政困难，改善城镇居民生产生活环境。位于城西的登瀛桥因战争几度被烧毁，解放战争时期经人民解放军修复。1951年，省人民政府拨款3亿元[系旧人民币，1万元相当于1955年发行的第二套人民币（又称新人民币）1元。其他部分出现的金额，如无特别说明，均为（或已换算为）新人民币。]，对桥梁进行改建，建成全长4825米。城区南门大桥是穿城而过的串场河上一座重要桥梁，因在战争中遭到破坏，南北交通受阻。1949年11月，盐城县政府成立南门大桥修建委员会，拨6万斤粮食作为修桥经费，第二年春修成贯通。
党的中心工作发生根本转变后，需要相应调整各级政府的工作机构、职能及工作方法方式，以适应新形势、新任务的要求。在中共盐城地委和专署的领导下，全区各级政府工作系统逐步建立发挥以行政手段管理社会的职能。
1950年初，专署根据精简效能的原则，又对其下设工作机构作出调整；专署民政处、教育处、工商局、建设处、财政处、粮食局分别改为民政科、文教科（后又改为文卫组）、工商科、建设科、财政科；粮食分局；专署生产推进社改称苏北合作联合社盐城办事处；盐城中心指挥邮局和电信局合并成立盐城邮电局。新成立了航务分局、船舶管理局、棉垦局、苏北区人民法院盐城分院、苏北区人民检察院盐城分院。各县、区、乡的政府工作系统也相应调整，逐步建立和完善。为适应政府工作需要，各地选拔了一大批有一定政治业务水平、经过实际工作锻炼的干部，充实到各工作部门。仅1951年1月至8月，全区就有1035名工农干部走上各级行政领导岗位。
盐城地区西部湖荡和东部沿海一带，人口稀少、分散。全区解放后，各县加强对这些地区的人口登记和管理，根据历史情况和管理便利的原则，新设一些区、乡，建立相应的政府组织。1950年，根据苏北行政公署颁布的《苏北区户口管理暂行办法》，盐城公安机关对城乡户口进行普遍登记。1953年，根据中央人民政府统一部署，盐城地区开展第一次人口普查，在城市和5000人口以上的集镇建立人口出生、死亡、迁进、迁出管理制度，使全区所有地域和人口均纳入政府的直接管理之下。据普查，全区总人口为389.15万人。
新中国成立后，结合经济、社会、历史等因素，为提高政府工作效能，全区的行政区划几经调整、幅度较大。1949年11月，专署报经苏北行署批准，撤销盐东、阜东两县，分别并入射阳和滨海县；1950年1月，苏北行署将泰州行政区所辖的东台、台北二县划归盐城行政区；同年6月，涟东县划归淮阴行政区，与涟水县合并。1951年7月，经报政务院批准，盐城行政区的建阳县更名为建湖县；同年8月，台北县更名为大丰县。1952年11月，江苏省恢复行政区建制，苏北区盐城行政区改称江苏省盐城专区。1952年底，全区共设置8个县、7个城市区、96个农村区。1954年10月，淮安县从盐城专区划出归江苏省淮阴专区管辖。